O patrimônio natural de São João del Rei também tem muita história e belos locais para visitação, como é o caso dos Muros de Pedras e o Canal dos Ingleses.

Os Muros de Pedras se situam na Serra do Lenheiro, atingindo outros municípios vizinhos. Eles representam delimitações de propriedades antigas demarcando divisas e limitações para a atividade pastoril na região. Se tratam de construções lineares criadas em um sistema de empilhamento de pedras secas retiradas do próprio ambiente que foram construídos por mão de obra escrava no período colonial. São um grande testemunho desse período, tanto da atividade de exploração do ouro quanto dos esforços braçais dos escravos daquela época. Sua construção se harmoniza com o ambiente natural da região, sendo um patrimônio pertencente a municipalidade dos bens arqueológicos e históricos.

Também na Serra do Lenheiro está o Canal dos Ingleses, estando concentrado no município de São João del Rei. Compõem uma estrutura arqueológica do período da exploração aurífero que começa om o represamento de um afluente do Córrego do Lenheiro, indo até seu deságue na parte de baixo da Serra do Caititu, logo atrás do Alto das Mercês. É uma formação intrincada para a lavagem do ouro que era explorado no período colonial, compondo o sistema minerador que mostra o primoroso trabalho da engenharia do século XVIII em Minas Gerais. Compõem uma estruturação bem elaborada na Bacia do Rio das Mortes que tem como ambiente o chamado caminho velho, ou Caminho Geral do Sertão, que atravessa o que é atualmente o município de São João del Rei. Falamos aqui em obras de arte na forma de galerias de pedras de cantaria feitas para a travessia das águas pluviais ao longo do caminho, o que evidencia o grande investimento feito na época colonial na região e no próprio canal. Mostra-nos hoje como foi o processo de penetração e povoamento do território das Minas Gerais durante a colonização, fazendo referência a evolução dos núcleos de povoamento na região de São João del Rei.

Construções como estas que mostramos aqui compõem importantes pontos do patrimônio natural e cultural de São João del Rei.

A preservação, o cuidado e a valorização de estruturas históricas como estas são questões de grande importância para a história da região, bem como a compreensão das atividades que se desenvolviam, como a exploração aurífera e as atividades agrícolas.
Conhecer seu próprio patrimônio histórico e a ampla gama de informações de sua construção são riquezas para a sabedoria popular e enriquecimento cultural do povo da região.
Conhecer para preservar e criar um forte sentimento de pertencimento a sua própria história, valorizando toda a mão de obra e serviço escravo que foi empregado para a construção destes patrimônios. 
Estruturas como estas mostram a importância dos primeiros povoadores da região e seu processo de conquista do território, bem como sua dominação e desenvolvimento das atividades que se deram durante este processo de colonização.
Os Muros de Pedras e o Canal dos Ingleses são marcas que registram a cultura da região são joanense e sua história, sendo importantes pontos de preservação.